Basilisk Kouga Ninpou Chou es una serie del genero ninja. La historia se traslada a dos pequeñas aldeas japonesas en la era Keichou, exactamente en el año 1614 A.D. y narra la rivalidad de los clanes enfrentados durante más de 400 años por el odio entre las familias. Los actuales representantes, Kouga Danjo de Kouga y Ogen de Iga no consiguieron fraguar su amor y resolver definitivamente esta rivalidad por lo que intentan conseguir que sus sucesores Gennosuke y Oboro cumplan su amor y puedan acabar con este enfrentamiento sin sentido; pero donde hay amor habrá muerte y sus planes se ven estropeados cuando Ieyasu, el actual Shogun, decide rivalizar a Kouga e Iga para ver quien de sus dos nietos será el próximo Shogun. En caso de que Kouga gane Kunichiyo sería el próximo Shogun y Kouga podrá vengar su rivalidad con Iga y ser protegida durante los próximos mil años, pero si Iga acaba con Kouga Takechiyo será el próximo Shogun. Dos pergaminos inscritos con los 10 mejores guerreros ninja de cada aldea son enviados a sus respectivas aldeas con el fin de comenzar el terrible duelo que una vez más estropeará el destino de los sucesores de las dos aldeas e impedirá que su amor surja.
Gennosuke es el sucesor del líder del clan de Manjidani de Kouga, su predecesor Danjo le ha inculcado desde pequeño todas las técnicas ninja posibles, entre ellas destaca su técnica de Doujutsu le permite controlar cualquier ataque de cualquier persona e invertir su efecto siendo capaz de evadir los ataques y conseguir que se hieran a si mismos sus enemigos, su pasiva mirada se convierte en un infierno cuando usa su técnica, es temido por todos sus adversarios menos por Oboro la cual esta enamorada de el, mientras planean su matrimonio, reciben la trágica noticia de que los dos clanes se verán enfrentados una vez más impidiendo su relación de amor, Gennosuke destaca por ser una persona apacible, honrada y seria ante cualquier situación pero sin olvidarse de que es uno de los rivales más fieros de todo el continente asiático.
Oboro es la sucesora de la líder del clan de Tsubagakure de Iga, su predecesora Ogen la eligió a ella de entre otras muchas jóvenes no por su talento en las artes marciales, si no por su especial mirada, con su Doujutsu es capaz de anular cualquier técnica con tan solo mirar a un ninja en plena batalla, esta técnica es un arma de doble filo ya que puede inhabilitar a sus propios amigos en la batalla. Su torpeza en las artes marciales la compensa con su amabilidad, su amor por Gennosuke y por su naturalidad y timidez convirtiéndola así en una joven y apacible muchacha de una aldea. Siempre la sigue un Halcón como a su antecesora el cual la guía en cualquier momento. Tras recibir la noticia de la ruptura del tratado Oboro toma una de las decisiones más grandes de su vida, esta decisión marcara el destino de la batalla final.